ปัญหาของกากน้ำตาล เกิดจากการนำไปหมักกับพืชผักผลไม้ใช้ระยะเวลาสั้น ๆ อาจจะเป็น 7 วัน 15 วัน แล้วนำไปใช้ ก็จะทำให้เกิดปัญหา กับดิน หรือเกษตรกรบางท่านผสมกากน้ำตาลกับน้ำหมักชีวภาพแล้วฉีดพ่น หรือรดพืชผักผลไม้เลย ก็จะทำให้เกิดปัญหาแก่ดินอีกเช่นกัน
กากน้ำตาลเป็นของเหลวสีดำที่เหนียวข้น ซึ่งไม่สามารถจะตกผลึกน้ำตาลได้อีก เป็นเนื้อของสิ่งที่ไม่ใช่น้ำตาลที่ละลายปนอยู่ในน้ำอ้อย ซึ่งประกอบไปด้วยน้ำตาลซูโครส น้ำตาลอินเวอร์ท (invert sugar) และสารเคมี เช่น ปูนขาว ซึ่งใช้ในการตกตะกอนให้น้ำอ้อยใส ส่วนประกอบของกากน้ำตาลจะปรวนแปรไม่แน่นอน แล้วแต่ว่าได้มาจากอ้อยพันธุ์ไหนและผ่านกรรมวิธีอย่างไร แต่มักจะหนีไม่พ้นน้ำตาลซูโครส น้ำตาลอินเวอร์ทกับน้ำ ปัจจุบันนี้ โรงงานน้ำตาลทันสมัย มีความสามารถในการสกัดน้ำตาลออกจากกากน้ำตาลได้มากขึ้นแต่ก็ไม่หมดเสียทีเดียว เพราะถ้าสกัดให้ออกหมดจริงจะสิ้นค่าใช้จ่ายสูง ดังนั้นจึงมีน้ำตาลซูโครสบางส่วนที่สูญเสียไปกับกากน้ำตาล ซึ่งมักจะสูญเสียไปมากกว่าสูญเสียไปทางอื่น โดยทั่วๆไปจะมีซูโครสปนอยู่ในกากน้ำตาลเฉลี่ย 7.5 เปอร์เซ็นต์
การใช้ประโยชน์ อุตสาหกรรมการผลิตเหล้าและแอลกอฮอล์ เป็นแหล่งใหญ่ที่ต้องการกากน้ำตาลเป็นวัตถุดิบสำคัญในอุตสาหกรรม ผลผลิตที่ได้จากการหมักกากน้ำตาล ได้แก่ เอทิลแอลกอฮอล์ บิวธิลแอลกอฮอล์ อาซีโตน กรดซิตริก กลีเซอรอล (glycerol) และยีสต์ เอทิลแอลกอฮอล์ใช้ทำกรดอาซีติค เอธีลอีเธอร์ ฯลฯ สารประกอบอื่นที่ได้จากการหมักกากน้ำตาล ได้แก่ เอธิลอาซีเตท บิวธิลอา-ซีเตท อามีลอาซีเตท น้ำส้มสายชู และคาร์บอนไดออกไซด์แข็ง นอกจากนั้นถ้านำกากน้ำตาลที่ทำให้บริสุทธิ์ไปหมักและกลั่นจะได้ เหล้ายิน (gin) ส่าเหล้าหรือยีสต์ที่ตายแล้ว เป็นผลพลอยได้ซึ่งนำไปทำอาหารสัตว์ นอกจากนี้กากน้ำตาลยังใช้ทำยีสต์สำหรับทำขนมปังและเหล้าได้ด้วย ยีสต์บางชนิดที่ให้โปรตีนสูงคือ Torulopsis utilis ก็สามารถเลี้ยงขึ้นมาได้จากกากน้ำตาล กากน้ำตาลสามารถนำมาทำกรดเป็นแลคติคได้ แม้ว่าจะทำได้น้อยมาก ในอดีตชาวปศุสัตว์ใช้กากน้ำตาลผสมลงในอาหารสัตว์ แต่ก็มีขีดจำกัด กล่าวคือ วัวตัวหนึ่งไม่ควรรับกากน้ำตาล เข้าไปเกิน 1.5 ปอนด์ สัตว์ชอบกินกากน้ำตาลคลุกกับหญ้าเพราะช่วยทำให้รสชาติดี รวมทั้งการใส่กากน้ำตาลในไซเลจ (silage)อีกด้วย มีผู้วิจัยทดลองใส่แอมโมเนียลงในกากน้ำตาล พบว่า สามารถผลิตโปรตีนได้และสัตว์สามารถกินกากน้ำตาลนี้เข้าไปและทำให้สร้างโปรตีนขึ้นในร่างกายสัตว์ได้ จึงเป็นสิ่งที่ประหลาดที่กากน้ำตาลเป็นสารคาร์โบไฮเดรต สามารถถูกสัตว์เปลี่ยนไปเป็นโปรตีนได้ผลดี ส่วนประกอบสำคัญของน้ำอ้อยอีกชนิดหนึ่งก็คือ กรดอโคนิติค ซึ่งจะผสมรวมอยู่ในกากน้ำตาล ซึ่งเราสามารถแยกได้โดยการตกตะกอนด้วยเกลือแคลเซียม กรดอโคนิติคนี้มีความสำคัญในการผลิตยางสังเคราะห์ พลาสติก เรซิน และสาร ชักเงา ประโยชน์สุดท้ายของกากน้ำตาลก็คือ การใช้ทำปุ๋ยหรือปรับคุณภาพดิน กากน้ำตาลมีส่วนประกอบของโพแทสเซียม อินทรีย์วัตถุ และธาตุรองอื่นๆ อีกมาก นอกจากนั้นยังเหมาะสำหรับปรับสภาพดินทราย หรือดินเลวที่ไม่มีการเกาะตัว เนื่องจากขาดอินทรีย์วัตถุอีกด้วย ประโยชน์สุดท้ายใช้ผสมกับชานอ้อยสำหรับทำถ่านใช้ในครัวเรือน